因为扁鹊的医术太过高超，名声太大，所以引起了小人的妒忌，当时的秦国太医令李醯，自知医术难比扁鹊，却又不愿名落他人之后，于是便雇佣刀手刺杀了扁鹊。

可惜这样一位医学巨才竟然始于非命，而史学家对他的后世并无记录，导致了扁鹊的后事成了千古之谜。在过了近千年的时间后，关于扁鹊墓地的种种说法出现了。其中在河南省汤阴县有扁鹊的墓和祠，相传这里原来是一道名为伏道冈的上冈，伏道冈的名字就来自于扁鹊当年被“庸医恶其胜已，伏于道侧，谋而杀之”的典故。这些至今尚存的墓和祠，没人能说清楚他们立于什么朝代，只是墓旁的各种碑刻都是元代以后各朝刻上去的。在山西省永济清华镇，也有扁鹊的墓和祠，墓前有一对石羊及宋明时代的碑刻，墓的周围还保存着完整的石墙。永济是战国时的解虞、扁鹊曾经在此行过医，不过同样没人能说清楚，墓和祠是什么朝代建立的。坐落在山东济南北郊鹊山西路的扁鹊的墓，墓前石碑署“春秋卢医扁鹊墓”。鹊山之名就来自神医扁鹊，传说扁鹊曾在山上炼制丹药，死后就葬在了此山脚下，因此山以人显，遂改为鹊山。扁鹊葬于鹊山的传说，事过2000多年，口耳相传。在河北邢台内丘县西，有扁鹊庙，相传扁鹊被害于秦，虢太子千方百计把扁鹊的头颅从秦国找回，葬于邢台内丘的蓬山，并立庙祭祀，因此这个山村便更名为“神头”。据《内丘县志》记载，扁鹊庙汉唐有之，始见不详。自汉至今，历代均有修葺，现存元代建筑，是全国最早、最大、最著名的纪念扁鹊的古代建筑。除了以上几种说法之外，还有其他的不同说法。在山东济南市西郊原长清县志记载，“今卢地有越人墓”。秦越人，即扁鹊。在陕西临潼东北1.5公里南陈村，相传扁鹊被害于此，就地掩埋，另外还有河北的任丘等地。因为年代久远，难以考证以上多种说法的真伪，而且陕西，山东，河南，河北等省，在春秋战国时代分属秦，韩，齐，魏，赵，各国正是历史上记载的扁鹊行医周游时经过的地方。而谋害扁鹊的人在任何地方都有可能下手，前无记载，后无依据，任何人无法辨别哪一座扁鹊墓是真的。当年他曾行医治病的地方的老百姓感恩其医德，修冢筑墓纪念扁鹊，因而造成了今天扁鹊墓在各地都有的繁华局面。