在北京即将搬到通州的大学中，有清华大学和首都医科大学的部分校区。

清华大学：清华大学的通州金融发展与人才培养基地项目计划于2025年9月竣工并投入使用。该项目位于宋庄镇与永顺镇的交界处，占地面积22.65公顷，规划总建设面积47万平方米，预计总投资64.4亿元。项目建成后，将依托清华大学五道口金融学院和继续教育学院，发挥清华大学在金融领域科技创新及人才培养的优势，打造国际化高端人才培养基地。首都医科大学：首都医科大学的新校区项目位于密云云西MY00-0502街区，怀柔科学城东区，总建设用地面积约335869.13平方米，拟用于建设文化设施、体育设施、教学楼、科研楼及配套设施，总建筑面积约662350.91平方米。