学校前身是1978年北京市依靠清华大学、北京大学、中国人民大学、北京师范大学等创办的36所大学分校。

1985年，北京联合大学成立。

1987年，北京市卫生职工学院中医部并入北京联合大学中医药学院。

2001年，市教委同意北京联合大学化学工程学校和北京市化学工业集团职工大学划转给北京联合大学，北京市第一师范学校并入北京联合大学。

2008年，北京市化工学校、北京市医药技术学校、北京市医药器械学校并入北京联合大学。