北大附中的正门是南门。

2010年起学校进行了南门改造，修建了宽敞明亮的南门接待大厅。学校大门实行人车分流。学校西门只能人员通行。学校南门主要用于车辆出入，除上课日早晨入校期间可以人员出入，其他时间一般不对人员开放。南门接待大厅主要用于接待访客和学生非正常出入校。