两个院区。

一个东直门院区，一个通州院区。北京中医药大学东直门医院通州院区（原北京市通州区中医医院）坐落于北京的东大门, 1985年正式建立。

2010年6月，正式迁入通州区翠屏西路116号新址。

2011年8月，北京市通州区人民政府与北京中医药大学东直门医院成功合作，医院更名为“北京中医药大学东直门医院东区”