有8家附属医院和13家教学医院。

附属医院包括：北大医院、北京大学人民医院、北京大学口腔医院、北京肿瘤医院、北京大学首钢医院、北京大学深圳医院、北京大学第三医院、北京大学第六医院、北京大学国际医院、北京大学滨海医院。教学医院包括：北京积水潭医院、卫生部北京医院、北京世纪坛医院、北京航天中心医院、卫生部中日友好医院、北京地坛医院、北京民航总医院、首都儿科研究所、北京京煤集团总医院、北京仁和医院、解放军306医院、解放军302医院、北京回龙观医院、北京大学滨海医院、中国中医科学院西苑医院。