北京航天总医院不是三甲医院。

医院的评级评不考虑医院的性质及医院背景，主要依据医院的功能、医疗硬件设备、人才技术力量、医疗服务质量等指标。目前看北京航天总医院在医疗硬件设备和人才技术力量和医疗服务质量上还不具备三甲医院的标准，所以目前还属于二甲医院。