没有区别。

北医三院是北京大学第三医院的简称，两者是一个医院。北京大学第三医院（简称"北医三院"）建于1958年，国家卫生健康委委管医院，集医疗、教学、科研、预防保健、康复与健康管理为一体的综合性三甲医院。北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。是北京最好的综合性医院之一。