同治二年(1863),李鸿章兼任五口通商大臣。
清廷当时的官方对外贸易口岸便是广州、厦门、福州、宁波、上海五地。李鸿章一举拿下管理权,基本就是掌控了清廷的外贸。且这种管理权还不仅仅是限于外贸,还包括涉外事务。所以李鸿章的这个职务,像是商务部外贸司司长和外交部特派员的结合。次年,清廷先是赏赐李鸿章世袭的骑都尉爵位,后又加封一等肃毅伯爵位。这些都是没有实权的佳赏,但也是对李鸿章社会地位的认可和提升。同治四年(1865),曾国藩被任命为钦差大臣,负责征讨捻军,而李鸿章被提拔为两江总督。两江总督是清朝最高级的封疆大臣之一,掌管江苏、安徽和江西三省的军政事务。这样三省同管,军政全包的职务,在今天是完全不见踪影的,所以我们也没法做类比。但可以确定的是,李鸿章此时又有淮军又有要职,已经是能够左右朝政的重要人物。此后李鸿章还督办过贵州军务,当过直隶总督,做过北洋通商大臣。权有了,尤其是财政控制权有了,李鸿章后来的洋务运动才能搞得如火如荼。且他还数次代表清廷与列强签订条约,所以他的声名逐渐走出国门,成了清廷在国际上的重要代表。