北京大学诞生于1898年，光绪帝颁布《明定国是诏》，正式提出要兴办京师大学堂。

同年7月3日，京师大学堂在孙家鼐的主持下在北京创立，最初校址在北京景山东街（马神庙）和沙滩（故宫的东北）红楼（北京五四大街29号）等处。京师大学堂是中国近代正式设立的第一所大学。

1900年，八国联军侵华，打入北京后，京师大学堂遭受破坏。

1902年12月，京师大学堂恢复。吏部尚书张百熙任管学大臣。吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。

1904年选派首批47名学生出国留学。 民国元年（1912）5月，京师大学堂更名为国立北京大学，是中国历史上第一所冠名“国立”的大学，严复出任校长。