华航航空主要业务涵盖：国际、国内航空客运服务，国际、国内VIP商旅服务，劳务派遣及留学生出国咨询服务，出入境咨询服务，通航旅游投资开发与运营管理服务，航空人才培养，航空技能实训服务等。

华航航空作为行业企业，旗下设航空客运服务部、航空旅游管理部、技术研发部、航空教育事业部等部门。

华航也经营台湾机场的地面代理、航空货运、空中厨房、飞机维修、饭店经营、机内免税品贩售等周边事业,亦承担省政府出国访问的专机任务、以及外国国家元首和政府首长等在省内的专机地面代理服务。华航是首间加入国际航空联盟的省内航空公司,于2011年09月28日加入天合联盟。华航亦是获准经营两岸航线的航空公司之一,拥有32个航点,并与天合联盟内的中国大陆籍航空公司共组大中华携手飞计划。