据传，当地居民最初把车公庙这片区域称为白粉岭，建于清朝，是当地村民烧香祈福之地。

后来，因为一个叫车公的人，这地方才更名为车公庙。车公，是宋朝有名的大元帅，曾平定过江南之乱。南宋末年，宋帝南下避难，车公一直护驾到今天的广东深圳一带。在护送途中，车公不幸病逝，村民为纪念这位忠臣，在当地建立庙供奉，以此弘扬车公忠君爱国的精神。在广东还流传着另一个版本的车公故事，有一定的神话色彩。相传，明朝末年，广东爆发瘟疫，不少人感染。车公在人们梦中仙灵，协助他们消除瘟疫，恢复健康。瘟疫消失后，人们在车公仙灵的地方建立庙堂，以此来表达人们对车公的感谢与敬仰。在香港、广东一带，曾经有许多车公庙，但现在只剩香港沙田车公庙香火鼎盛。深圳的车公庙，不知道消失在哪个年代，但这个名字永久保存了下来。