1911年云南新军通过重九起义、腾越起义、临安起义推翻了清王朝在云南的统治，并成立了云南军都督府，公推蔡锷将军为云南都督，蔡锷将军是镇守云南的最高将领。
1913年，蔡锷将军被袁世凯调往北京，唐继尧接替蔡锷出任云南都督兼云南民政长。
1915年，蔡锷从北京回到云南，与唐继尧联合宣布云南独立，宣布共和，设立了云南都督府，推举唐继尧为都督。袁世凯死后，北京政府任命唐继尧为云南督军兼省长。
1921年因唐继尧想当西南王，不停进行军阀混战，驻川靖国军第一军军长顾品珍返回昆明驱逐了唐继尧。此时云南的镇守将军为顾品珍，但是顾品珍的位置还没有坐热，次年就被唐继尧依靠土匪袭击身亡，唐继尧在昆明复任云南省省长。
1927年，唐继尧手下的龙云、胡若愚、张汝骥、李选廷四位镇守使发动兵谏，唐继尧被迫交出权力。同时胡若愚又联合张汝骥囚禁了云南省务委员会主席龙云，同年7月，胡若愚出任云南省政府主席兼云南第二路军总指挥部总指挥。
1927年龙云的第38军反攻昆明，胡若愚实力不际被迫下野，1928年1月南京国民政府正式任命龙云为云南省政府主席，1945年被蒋介石的中央军杜聿明部逼迫下台，云南省政府主席由龙云的表弟卢汉接任。卢汉是民国时期最后一位镇守云南的最高将领，1949年12月云南绥靖公署主任卢汉率部发动了昆明起义，新中国成立后卢汉任云南省军政委员会主任。
