1955年，鉴于当时的国际形势，同时也为支援西北教育建设，国务院决定在上海的交通大学在1955年至1957年两个学年中分批迁往西安，是为交大西迁。

1956年暑假，西安新校舍落成，学校第一批西迁开始。但由于形势的变化和校内师生的反对意见，内迁工作不久中断。但此时超过半数的师生和大部份设施已经迁去西安，西安新校区开始接受新生，交通大学也就正式开始两地办学。由于上海和西安两地管理上非常不便，加上西安部分已经成为事实，回迁恢复已没有可能。

1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，分别成立两所校务独立上海交通大学和西安交通大学。