原卫生部直属的11所医科大学包括同济医科大学、华西医科大学、北京医科大学、湖南医科大学、北京协和医学院、上海医科大学、中国医科大学、西安医科大学、白求恩医科大学、山东医科大学、中山医科大学。

由于体制改革，卫生部不再直接管理高校，原直属管理的11所医学院校面临着抉择，要么跟其它综合性大学合并，要么管理权限下放。于是，有8所医科大学在2000年就完成了合并，1所医科大学划归了地方管理。

2001年，中山医科大学与中山大学合并，成为了中山大学医学院，2006年，北京协和医学院与清华大学合作办学。至此，医科大学的合并浪潮基本结束，原卫生部11所医科大学中的9所完成了合并。