医院的前身为博爱医院，建于1917年，1955年改为大连市立二院，是大连市最早设立中医门诊部和中医住院部的综合性医院。

1985年挂牌为中西医结合医院，1994年评为中西医结合三级甲等医院，1999年增挂大连市骨科医院牌匾。

2007年2月，大连市第二人民医院被正式确定为国家中医药管理局10所重点中西医结合医院建设单位之一。