厦门大学台湾研究院自1981年(时为台研所)开始招收硕士研究生，是大陆最早招收台湾研究专业研究生的单位。

目前，该院拥有历史、经济、政治和文学研究方向的4个博士点、4个硕士点。而30年来该院共招收的约300名博硕研究生中，台湾学生30多人。截至今年6月，从该院毕业的博、硕士研究生分别有43名和164名。