国企职工非婚生子，应该根据具体情况进行不同的处理。

首先，如果该职工的行为违反了公司的规定，可能会面临纪律处分或者被解雇的风险。此外，如果该职工的行为涉及到违法行为，可能会被追究刑事责任。其次，如果该职工的行为没有违反公司规定，也没有涉及违法行为，那么应该根据实际情况进行处理。可以与该职工进行沟通，了解其想法和情况，给予适当的帮助和支持。同时，也可以考虑在该职工的个人档案中记录这一事件，以备将来参考。无论采取何种处理方式，都应该遵循公平、公正、合理的原则，并且要尊重该职工的合法权益。同时，也要加强对职工的教育和管理，避免类似事件的再次发生。