日本原来与大陆相连，大约在洪积世晚期至冲击世初期，日本各地发生海进，出现了日本海。
距今约1万年前，成为今天的日本列岛。日本人类在旧石器时代尾期才较大发展，在旧石器时代大部分时间（约十万年前）发展缓慢，考古研究发现，在几十万年前来自中国北方的原始人类进入朝鲜半岛上居住，其中少量人（大概十万年前）才开始又迁徙到日本。日本最早的人类化石是在十万年前，迄今日本旧石器时代的遗址发展近一千处，但有人骨化石出土的不满十处，化石主要有明石人、葛生人、牛川人、三日人等。考古学和人类学观点认为日本民族是主要由东北亚游牧民族，阿尔泰语系的人、古代中原人、长江下游的吴越人、微量马来人以及微量中南半岛的印支人混合而来，逐渐迁移到日本混合衍变而来。也有学者认为是更新世中国华南的蒙古人种东扩到达日本。此外还有“单一人种说”、“人种更替说”、“混血说”、“变形说”等说法。自从中国战国后期，大量燕国人、齐国人、楚国人和越国人等为躲避战乱逃到朝鲜半岛和日本，以后到清朝时，在中国北方出现战乱和灾害时，陆续中国人移民朝鲜半岛，后来又从这里向东向南到了日本或直接到日本列岛。
