武汉工程大学分为两个校区：武昌分校区和流芳分校区。

武昌分校区：位于湖北省武汉市洪山区雄楚大街693号。武昌校区为该校主校区，又称光谷校区、洪山校区、老校区。坐落于武昌南湖之滨， 中国（武汉）光谷腹地，周边有多所高校，如华中科技大学、中国地质大学、中南民族大学、华中师范大学等。公交线路：538路、590路、572路、586路、811路路等10多路公汽直达武汉三镇各中心地带，有公汽直通武昌火车站，有多辆公交途径傅家坡长途汽车站，宏基汽车站。有地铁2号线经过校门前，直达汉口火车站。流芳校区：流芳校区地处“武汉·中国光谷”的中心地段—汤逊湖畔，东湖新技术开发区大舒东路，毗邻武汉大学、华中科技大学和武汉理工大学科技园等诸多高校。地址：湖北省武汉市江夏区流芳大道特一号。公交：759路、788路可直达；757路、758路可到金融港，步行至校西门；331路可步行至校东门。