小浪底工程库区移民分三期进行。

第一期为180米高程以下及受影响的4.6万移民。从1995年开始到1997年6月底完成。第二期为180-265米高程区间及受影响的12.6万移民，从1997年开始到2000年结束。第三期为265-275米高程区间及受影响的1.7万移民，从2000年开始到2003年完成。一期移民于1997年6月底按计划完成，为按期截流创造了条件。截流后以及1998年移民安置进度有所拖后，1999年1月5日，水利部、河南省政府、山西省政府在北京召开部省联席会议，布置移民安置工作，解决有关问题。

6月30日，215米高程以下移民按计划搬离库区，移民人数4.5万人，为下闸蓄水创造了条件。

2001年底前265米高程以下移民搬迁完毕，使得小浪底工程能够正常发挥拦洪效益。