未拿过1993年，邓肯进入维克森林大学心理学专业就读。

在首场对阵阿拉斯加大学的比赛中，邓肯一分未得。之后凭借高强度的训练，邓肯的表现迅速窜升。大学二年级时，在一场对阵华莱士大学的比赛中，邓肯独得25分，杰里·韦斯特当时便认定他将成为1995年的NBA选秀状元，但邓肯在14岁那年曾向得癌症的母亲许下“无论如何都要读完大学拿到学位”的诺言，因此他最终选择留校读书直至毕业。此后两年，邓肯得到了大量的锻炼机会，造就了难以抵挡的进攻实力，比赛中他往往能迫使对手采用三人包夹战术，在防守端，邓肯同样表现出众，两度收获最佳防守球员称号。

1997年，邓肯成为魔鬼执事队史上获胜场次最多的球员，获得约翰·伍登奖，并连续第二年入选NCAA全美第一阵容。他的数据突破2000分、1500篮板大关，是NCAA完成这一壮举的第十人，也是NCAA第一个同时达到1500分、1000个篮板、400个盖帽和200个助攻的球员。大学毕业后，邓肯又继续通过自学，顺利完成了硕士答辩，成功拿到了维克森林大学心理学硕士的学位证书。