国家对清华大学的管理主要是通过教育部进行监管和指导。

教育部对清华大学进行综合评估和考核，对其发展提出建议和要求。此外，国家还通过财政拨款、政策支持等方式，为清华大学的发展提供资金和政策保障。同时，清华大学也要遵守国家的法律法规，履行社会责任。