初中毕业后档案一般存放在所就读学校的教务处或档案室中。

因为初中毕业时涉及到学生的试卷、成绩单及其他相关资料等，为了方便查询和管理，学校一般会将这些资料进行整理归档。此外，部分学校可能还会将档案转交到各地教育行政部门进行备案，以备查阅等需要。