历史沿革11世纪，当时众多被称为注释者的语法学、修辞学和逻辑学的学者们聚集在一起博洛尼亚，共同评注古老的罗马法法典。

1158年，皇帝费德里克一世颁布法令，规定了大学不受任何权力的影响，作为研究场所享有独立性。从14世纪开始继法学之后，博洛尼亚大学又迎来了众多逻辑学、天文学、医学、哲学、算术、修辞学以及语法学的学者。

1364年，大学建立了神学院。

15世纪，进行了小规模的收缩，开始了希腊文和希伯来文的教学。

16世纪，开创了被称为“自然魔法”的教学，即实验科学。

18世纪的工业革命，博洛尼亚大学对推动科学技术的发展做出了自己独特的贡献。

1888年，博洛尼亚大学800年的庆祝典礼上，几乎世界上所有大学的代表们会聚在博洛尼亚共同为大学之母的荣誉而欢呼，他们承认博洛尼亚大学是他们的根源，是继承与追求宽容之路的根本。这一天成为了国际性的学术节日。

1988年9月18日，博洛尼亚大学建校900年之际，欧洲430个大学校长在博洛尼亚的大广场共同签署了欧洲大学宪章，正式宣布博洛尼亚大学为“大学之母”（拉丁文：Alma Mater Studiorum），即欧洲所有大学的母校。