厦航出过一次空难，造成包括本机在内三架飞机损毁。

1990年10月2日，厦航一架波音737被劫持，在油尽前迫降广州白云机场，因劫机者发现不是机组说的香港启德机场而抢多操纵杆，导致与地面另两架波音客机相撞，共造成128人遇难，三架波音客机报废。遇难者中90人是大陆旅客和机组，30人是台湾地区旅客，5人是香港地区旅客，2人是澳门地区旅客，1人是美国旅客。