当时命名复旦来自“旦复旦兮，日月光华”。
马相伯老先生当时是变卖三千亩家产办学的，他是虔诚的基督徒，起初震旦公学跟教会联系紧密，但后来出现了冲突:一方面，马相伯老先生办学是因为胞弟在革命中丧生，他深感要为革命和国家培养人才，所以立志办学，希望能传播先进文明;另一方面，教会希望把学校变成传教基地。冲突之下，马相伯老先生和部分学生离开震旦公学，另办复旦，所以又有说法称，复旦有“恢复震旦”之意。需要注意的是，震旦其实也是中国的别称。所以可以说1905年复旦之“恢复震旦”，另有恢复中华之意。只是“恢复震旦”之说没有“旦复旦兮，日月光华”流传得广。
