自然科学基金联合基金是由国家自然科学基金委员会与联合资助方共同提供资金，针对商自然科学基金联合基金是由国家自然科学基金委员会与联合资助方共同提供资金，针对商定的科学与技术领域内的基础研究进行共同支持的基金项目。

联合资助方可以是政府部门、事业单位、企业或其他法人组织。在管理方式上，自然科学基金联合基金按照自然科学基金的方式，由双方共同管理，并会制定并发布年度项目指南，以引导申请方向。特别地，自然科学基金委与地方政府共同出资设立的区域创新发展联合基金，其目标是发挥国家自然科学基金的导向作用，吸引全国的优势科研力量，围绕区域经济与社会发展中的重大需求来进行基础研究和应用基础研究。这旨在促进跨区域、跨部门的协同创新，推动我国区域自主创新能力的提升。例如，2023年度区域创新发展联合基金就以重点支持项目或集成项目的形式予以资助，其中重点支持项目的直接费用平均资助强度约为260万元/项。