南京航空航天大学针对全日制硕士研究生设立研究生国家奖学金、学业奖学金、特别奖学金、学校助学金、助学贷款、研究生“三助”等支持研究生完成学业，其中硕士研究生学业奖学金一等奖10000元/生/年，占入学总人数40%，二等奖8000元/生/年，占入学总人数40%，三等奖4000元/生/年，占入学总人数20%；学校助学金为500元/生/月。