总体说来，清华计算机系略好于中科院。

原因在于，从整体的计算机学科评估上，清华大学都是第一，且有唯一的信息学国家实验室，中科院计算机所分所较多，实力参差不齐，实力大打折扣。二是在学术声望上，清华大学大学在计算机科学上的世界声誉也远强于中科院计算机所。三是生源质量上清华大学也完胜中科院计算机所。