东京大学硕士一般4年，医学、农学、兽医学及药学系的药学科学专业学制6年。

东京大学本科教育实行弹性学制，一般学科的学制为4年，其中前两年为本科的前期课程，集中在教养学院进行，后几年分流到各学院进行学科专业教育，最长学制为8年。 东京大学的前期课程由基础科目、综合科目、主题科目和专业科目四部分组成，其中以基础科目和综合科目为主。文科前期最低修读学分为53，理科为61。