东京大学硕士专业有：法学、工程学、教养学、教育学、经济学、理学、农学、文学、药学和医学。

硕士博士开设有人文社会系研究科、教育学研究科、法学政治学研究科、经济学研究科、综合文化研究科、理学系研究科、工学系研究科、农学生命科学研究科、医学系研究科、药学系研究科、数理科学研究科等。