上海海事大学是上海市人民政府与交通部共建院校，属于上海市管理。

该大学办学历史溯源于1909年的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，1911年邮传部高等商船学堂正式成立，历经易名、停办、调整和恢复，继为交通部吴淞商船学校、交通部吴淞商船专科学校、国立重庆商船专科学校、国立吴淞商船专科学校、国立上海航务学院。

1958年，交通部重新组建上海海运学院。

2000年，上海海运学院由交通部划归上海市人民政府管理。

2004年经教育部批准更名为上海海事大学。

2008年，上海市人民政府和交通运输部签署共建上海海事大学的意见。上海海事大学（Shanghai Maritime University）是一所以航运、物流、海洋为特色学科，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学，获得中华人民共和国船员教育和培训质量体系证书与挪威船级社ISO9001质量保证书的高校，入选教育部“卓越工程师教育培养计划”高校、中国政府奖学金来华留学生接收院校和上海市首批深化创新创业教育改革示范高校。