不同的大学归不同部门管理，比如大部分985、211高校都是归教育部直接管理的，而其他学校大多归省教育厅或者教育局管理；市属高校和省属高校一般都由由地方上管理，投资建设主要也由地方出资建设，只是不是教育部直属管理建设的。

有些部级院校，如清华大学属于教育部管理，如南京理工与南航属于国防科工委管理，省级院校属于教育厅管理，如南京工程学院，市级教育局管理的很少高校归市属还是省属不是以教育局为依据的，而是由高校划拨经费、拨款筹建的部门决定的：市属是由地市级政府拨款筹建，省属财政由各省等地方行政行政部门划拨经费。地方教育行政部门的一般组织机构：省、自治区教育厅，直辖市教育局。在厅、局下，一般设有主管高等教育、普通教育、师范教育、工农教育、计划财务、体育卫生、人事、机关行政等工作的处、室。参考资料来源：。