南昌大学食品专业有两个代码是因为该专业在不同的招生计划中被划分到了不同的学科门类中。

具体来说，一个代码是属于“工学”门类，另一个代码则属于“农学”门类。这是因为食品专业涉及到了工程技术和农业生产等多个领域，因此在不同的招生计划中可能会被划分到不同的学科门类中。这样做的目的是为了更好地满足不同学生的需求，让他们能够更好地选择自己感兴趣的专业。