区别主要体现在以下几个方面：

1. 办学主体。

公办高校由国家或地方政府资助创办，民办高校由企业事业组织、社会团体和公民个人等主办，而独立学院则是由普通高校与社会力量合作举办的，依托高校本部师资优势而设立的具有法人资格的实施高等学历教育的教育机构。

2. 学费。通常公办大学的学费比民办大学和独立学院更便宜。民办大学与独立学院由于办学成本较高，所以学费普遍较高。

3. 办学性质。公办大学通常是公益性的，而民办大学和独立学院则具有盈利性质。

4. 毕业证书。公办高校和民办高校的毕业证书通常是由学校本身颁发的，而独立学院的毕业证书则是由独立学院颁发的。总的来说，本科公办民办和独立院校在办学主体、学费、办学性质以及毕业证书等方面都存在差异。考生在填报志愿时，应仔细了解各院校的招生章程，包括办学类型、招生计划分配的原则和办法、进档考生的录取规则、学费标准等信息，以便做出最适合自己的选择。