17、18世纪，除去某些例外，可以称为欧洲高等教育的黑暗时代。

各地新教教派的兴起，在学术界树起了宗教的藩篱，使学术的基本价值观念从属于教派和地方势力，严重破坏了知识普遍性的观念，传统大学开始带有地方、区域和民族的特点。欧洲各国大学或高等教育机构更加注重民族、国家和地区的利益，力求将大学改造成为为地方政治或民族、国家发展服务的机构。在这一时期，欧洲各国大学日渐由开放走向封闭，大学也与现实社会严重脱离，逐渐走向衰落。入学人数的骤降，标志了17、18世纪的欧洲大学走向衰败。