学校创建于1896年，原名南洋公学，1911年更名为南洋大学堂，1929年更名为国立交通大学，1949年更名为交通大学；1957年经历西迁与分设，分为交通大学上海部分和西安部分；1959年，交通大学上海部分启用“上海交通大学”校名；1999年，原上海农学院并入；2005年，与原上海第二医科大学合并。