阿隆索离开拜仁主要原因是因为他已经觉得自己的执教生涯到了一个瓶颈，想要寻求其他挑战。

另外，拜仁也在进行一次大规模的转型，引进了新教练安切洛蒂及年轻球员，阿隆索可能觉得自己在这种新的环境下不再具备重要作用。最后一点，他也想回到自己的家乡西班牙，也许在此结束自己的职业生涯。这些因素共同导致了他决定离开拜仁。