马尼托巴大学始建于1877年，最初由三个学院组成，分别是圣博尼费斯学院，圣约翰学院和马尼托巴学院。

有众多的院校陆续加入该校，形成一个联合性大学。位于马尼托巴省的温尼伯格市，是加拿大西部地区最古老的大学，也是马尼托巴省最大的大学。在2008年加拿大著名的麦克林杂志大学排行榜上，马尼托巴大学位居顶级类大学第15名。