北京协和医学院是清华大学医学部首先，清华大学医学院和清华大学医学部不是一个概念，两者目前都存在。

清华大学医学院是清华大学的一个院系，而清华大学医学部则是北京协和医学院。清华大学医学部这个称呼北京协和医学院只在有些场合用（例如选调生，出国，申请基金等）。清华和协和合作办学：协和临床八年制前两年半在清华读，招生学籍管理也在清华；清华八年制后三年则在协和医院做临床见习实习！协和医学院除护理外所以毕业生都有清华大学和协和医学院双章，其他两者几乎无交集！清华大学和北京协和医学院都有各自的临床医学八年制，高招都在清华大学临床医学类里，清华的八年制叫医学实验班，协和八年制叫临床医学（协和）。清华八年制和协和八年制前两年半都在清华大学，后三年都在协和医院做临床，区别是大四大五清华八年制公费去海外做科研，协和八年制在协和医学院学医学基础课。两者一直合作办学，不合并也没分手，同床异梦各取所需！