黄荆在植物学分类上属于种子植物门、被子植物亚门、双子叶植物纲、管状花目、马鞭草科、牡荆属。

黄荆所在的马鞭草科植物共有80多个属3000多种，而仅在我国，与黄荆同为马鞭草科的植物也有21个属175种之多，常见的有牡荆、板蓝根、臭牡丹、海州常山、美女樱、柳叶马鞭草、五色梅、龙吐珠等。