复旦大学上海医学院始建于1927年，创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院。

1928年5月更名为国立中央大学医学院，1932年独立为国立上海医学院，为当时中国唯一的国立医学院。

1939年，抗战爆发后，学院内迁至云南昆明；1940年辗转迁至四川重庆。

1946年，抗战胜利，学院迁回上海。

1952年，更名为上海第一医学院。

1959年，被定为全国16所重点高等学校之一。

1985年，更名为上海医科大学。

2000年，上海医科大学和复旦大学合并办学，组建成为新的复旦大学。

2012年，新的上海医学院成立。

2018年12月21日，教育部、国家卫生健康委员会、上海市人民政府正式签约，在保持体制不变的原则上，共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。

2019年6月14日，复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。