区别主要有：

1、设立对象不同：国立大学（Japanese National University）是指日本中央政府直接设置的大学，而公立大学的设立则主要是日本的省政府设立。

2、资金来源不同：国立大学学校经费直接来自国库，校长也是由国家直接任命，不受地方政府的管辖。公立大学则是由当地政府出资，可以理解为省立大学、市立大学，接受当地政府管辖。

3、学校数量不同：日本国立大学的数量多于公立大学的数量，国立大学数量在90所左右，而公立大学在70所左右。