根据教育部学位办的评估，全国电子信息类专业比较强的大学，前10有清华大学，上海交通大学，北京邮电大学，电子科技大学，东南大学，西安电子科技大学，国防科技大学，华中科技大学，中国科技大学，哈尔滨工业大学等。

从中可以看出，东南大学电子信息类研究生专业综合实力是略好于南京大学的。但择校方面，个人建议从多重因素考虑为好。从高校的综合名气，建议选南大，毕竟是国内一流高校，何况专业实力也不弱。如果一定从实力选择，建议看看专业，比如软件工程南大是国内第一的。理学方面，，南大强在电子，东南大学强在光电子；工学里的专业，通信、计算机、软件可选择南大，其它的专业方向如电子信息工程、电气自动化、电子科技等，选东南大学。