新校区位于广东省横琴岛东部，与澳门一河相连，背倚葱绿秀美的横琴山，占地1.0926平方公里，比现时的校园约大20倍，建筑面积约82万平方米，可容纳约1万名学生。

澳门与新校区之间将兴建一条河底隧道连接，从澳门一方可全天候随时进出校园，没有边检阻隔，非常方便。新校区拥有优越的办学环境，澳大也因此引入国际优秀大学采用的“住宿式书院制度”，设立约10个住宿式书院，为亚洲之最，这将成为澳大新校区的一大亮点。在新校区每个本科生都拥有一个书院的身份和一个学院的身份，学院负责学科方面的事务，而书院则负责其他的活动。在书院里，来自不同学科、不同年级的学生一起学习、竞赛、娱乐、生活。由这些活动当中，学生有较多在群体生活中与人互动交流、团队合作、服务领导的机会，并且在同侪的激励与合作之下，学习自律管理、自主行动、自我成长。新校区设3个开放式科研基地，主要研究医药、电子及资讯科技，以及7a64e59b9ee7ad9431333361303036能源环保。另外，一些跨学科的新研究领域也会着力发展，并将科研成果进行技术转移及创新产业孵化。这些科研基地，将能促成澳大、澳门其他大学、珠三角以至全国各地的大学在此地的合作研究，也为粤澳合作及澳门经济适度多元化创造契机。澳门大学横琴校区比目前澳大校园大20倍，可容纳1.5万学生；移交工作正有序开展，澳门大学横琴校区生命科技学院2013年5月28日正式移交澳门。据悉，图书馆、校史展览厅和中央教学楼已完成室内外装修和机电安装工程，已通过验收并移交澳门大学。澳大横琴校区2013年9月将迎来第一批新生。5月28日下午，记者跟随澳大横琴校区施工方一起进入校区。只见在占地近100万平方米的土地上，结合了南欧与岭南建筑风格的15个组团、62栋单体建筑主体工程已全部完工，工人们正热火朝天进行工程的最后收尾及设备调试，一座国际化、现代化、智能化绿色校园已成规模。记者了解到，新校区建筑面积约94.5万平方米，比目前的澳大校园大20倍，规划可容纳学生1.5万名。该校区的建设标准远高于内地一般大学。据悉，新校区建筑结构较为复杂，较多大型地下室，大面积使用外墙石材，主要建筑多采用异形屋顶、钢结构屋面；此外，智能化程度高，包括13个子系统，可对校区进行统一监控及管理；而且，广泛采用水体循环、区域供冷、光伏能源等新技术。据悉，2013年9月，有32年历史的澳门大学将搬迁到横琴新区开课，届时边防线整体后移至校区围墙之外，新校区按照澳门法律管辖。