南开大学的数学学科为我国数学的复兴和崛起作出了重大贡献，当时的数学所被称为中国数学的黄埔军校。

为南开数学在全国乃至世界赢得了盛誉，成为了中国数学的一面旗帜。而现在的南开大学数学学科经过积淀和发展，整体实力更上一层楼。

1988年，南开大学的基础数学、概率论与数理统计入选首批国家重点学科，1997年组合数学中心成立，同年，中国首份国际组合期刊Annals of Combinatorics创刊。

2003年，科学计算研究所成立，其完成的“南开之星”，在2004年世界超级计算机500强排行榜中名列第42位，居全国高校首位。

2007年，南开大学数学学科被批准为一级学科国家重点学科。