根据2012年学科评估的结果，中国内地高校生物医学工程专业排名，第一名是东南大学，第二名是清华大学，第三名是上海交通大学、华中科技大学（并列），第五名是四川大学。

后面的依次是：北京航空航天大学、浙江大学、重庆大学、西安交通大学、北京大学、电子科技大学、北京理工大学、天津大学、复旦大学、华南理工大学、重庆医科大学、首都医科大学、东北大学、同济大学、上海理工大学、中南大学、南方医科大学、太原理工大学、哈尔滨医科大学、西北工业大学、东华大学、温州医学院、湖南大学、上海大学、中南民族大学、解放军总医院（军医进修学院）、沈阳工业大学、大连海洋大学、长春理工大学、兰州大学、重庆理工大学。参评院校一共36所。有一些开设了这个专业但是没有参加评估的。