中国科学技术大学更好。

中国科学技术大学是综合性全国重点大学，位列“世界一流大学”“211工程”“985工程”重点建设院校。

2021年6月9日，2022年QS世界大学排名发布，中国科学技术大学位列第98名。南京理工大学是国家“世界一流学科”和211高校。由此得知，中国科学技术大学是985、211高校，南理工仅仅是211高校，总体实力上要强于南京理工大学。