1、概念不同：工学硕士是指全日制统招工科类研究生，侧重于基础理论学习和学术研究；理学硕士是对硕士研究生专攻理科方向（如数学、物理、力学、化学、生物学、天文学、地学等专业）的学生的一种专业上的称谓。

2、招生不同：工学硕士招收的是工科类专业的本科生；理学硕士招收的是理科类专业的本科生。

3、培养方向不同：工学硕士培养具有扎实理论基础和实践能力的应用型专门人才；理学硕士专门用于培养理科方面的人才。